本科生使用知网查重系统时，系统会根据上传的文档进行查重比对，但并不会主动查找博士论文。知网查重系统主要用于本科生、研究生等学术论文的查重，其原理是通过文本比对技术，检测文档中的相似度和重复率。因此，本科生使用知网查重系统时，只需关注本科及研究生阶段的文献查重即可，不必担心会被误判为博士论文抄袭。

知网查重系统是针对学术论文的查重工具，其主要服务对象包括本科生、研究生等学术论文的查重需求。对于博士论文，通常具有较高的学术水平和独创性，因此知网查重系统并不会主动查找博士论文。学校和科研机构通常会有专门的渠道和机制对博士论文进行查重和评估，而知网查重系统更适用于普通学术论文的查重工作。因此，本科生使用知网查重系统时，无需担心会被误判为博士论文抄袭的情况发生。